该学校主要院系包括电子信息工程系、机电工程系、财经艺术系、服装设计等，不同专业科目不同，一般中专都是三年制。

江苏省邳州中等专业学校创办于1985年，前身为邳县运河职业高级中学，1996年成为江苏省重点职业高级中学，1998年通过首批江苏省合格职教中心验收，2006年被国家教育部认定为“国家重点职业学校”，2008年成为省三星级职业学校，2012年晋级为省四星级职业学校，同年顺利创建成“中央财政支持建设实训基地”和“省级紧缺技能型人才培养培训基地”。2013年8月由江苏省机构编制委员会办公室和江苏省教育厅发文，学校正式更名为“江苏省邳州中等专业学校”。
邳州市市委、市政府高度重视学校发展，集中整合优质职教资源，把邳州电大、邳州市教师进修学校并入邳州中等专业学校，合并后的邳州中专是一所集高等教育、中等职业教育、成人培训、幼儿教育于一体，全日制教育、业余教育、短期培训相结合的规模较大的综合性学校
以上文章信息来源于：邳州中等专业学校。